曼荼羅にはきわめて深奥な哲学が内在し、ごく大まかに言うと胎蔵界曼荼羅は生成の世界。金剛界曼荼羅は理論の世界の構成を表現するものであり、原因と結果あるいは慈悲（胎蔵界）智徳（金剛界）を表します。胎蔵界は中台八葉院を中心として四重にならぶ十二院からなり、金剛界は縦横共に三列に区分した九会から形成されています。

両界曼荼羅は、密教の根本曼荼羅として真言密教における仏縁を結ぶ結縁灌頂、密教の奥義を伝える伝法灌頂の儀式、あるいは堂塔落慶、仏像開眼などの際に修する法会、曼荼羅供などに用いられます。